是否有可绘制用于展示癌症演化的shell plots的开源R包?
提问内容
我找到的fishplot包可绘制如下fish plots:
但该图中橙色、灰色等克隆对应的色块被拆分为两部分,很难解读克隆大小。请问是否有开源R包可绘制类似如下的shell plots,更便于判断克隆大小?注意下图所示的shell plots是由专有工具Tapestri生成的:
回答
目前有多个开源R方案可以实现你需要的shell plot类可视化,避免fishplot中克隆色块拆分的问题:
clonalProjection:专门面向肿瘤克隆丰度场景开发的可视化包,原生支持环形shell plot样式,每个克隆对应连续的环形扇区,扇区大小直接对应克隆占比,支持直接导入克隆细胞占比、等位基因频率数据生成图表,也可自定义配色、标签、环形宽度等参数。ggarcpie(ggplot2扩展包):适合需要高度定制化的场景,你可以基于预处理好的克隆占比数据,自行绘制多层环形shell plot,灵活调整每一层的展示内容、标签位置、克隆配色,完全可以复刻Tapestri生成的shell plot效果。clonevol:常用的克隆进化可视化包,除了传统的鱼图、进化分支树外,也内置环形克隆占比绘图功能,调用时设置对应参数即可将克隆的所有亚群合并为连续色块展示,还可同步关联克隆的突变事件、进化层级信息。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者user3108800
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