Snakemake运行Megahit规则时不使用directory()参数的方案咨询

报错根因 #

你遇到的报错本质是参数使用不匹配：megahit的-o参数要求传入输出目录路径，但你当前规则里直接把-o指向了声明的输出文件megahit/{sample}/final.contigs.fa，megahit运行时会把该路径作为目录创建，和Snakemake声明的文件类型输出冲突，才触发了类型校验报错。

无需directory()的解决方法 #

你可以在shell命令中新增临时目录处理逻辑，让megahit输出到临时目录，运行完成后再把需要的目标contig文件移动到规则声明的输出路径即可，完全符合Snakemake最佳实践，也避免了标记目录可能带来的文件丢失风险。

修改后的megahit规则参考：

rule megahit:
    input:
        "trimmo/{sample}/{sample}.trimmed.fastq"
    output:
        "megahit/{sample}/final.contigs.fa"
    params:
        "-m 0.7"
    log:
        "logs/megahit/{sample}.log"
    benchmark:
        "benchmarks/megahit/{sample}.megahit.benchmark.txt"
    threads: 10
    shell:
        """
        # 创建专属临时目录存放megahit输出
        mkdir -p megahit/{wildcards.sample}_tmp
        megahit -r {input} -o megahit/{wildcards.sample}_tmp {params} -t {threads}
        # 移动目标contig文件到规则指定的输出路径
        mv megahit/{wildcards.sample}_tmp/final.contigs.fa {output}
        # 不需要保留megahit中间文件的话可删除临时目录，需要保留就注释这行
        rm -rf megahit/{wildcards.sample}_tmp
        """

补充说明 #

如果后续流程需要用到megahit生成的其他结果文件，只需要把对应文件路径加到output列表中，同时在shell逻辑里把对应文件从临时目录移动到指定路径即可，不需要对整个输出目录做标记。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Blackadder901