macOS安装bowtie2执行apt命令提示找不到JDK路径下apt可执行文件如何解决

核心错误原因 #

你使用的apt是Debian/Ubuntu系列Linux系统专属的包管理器，macOS系统原生不提供该工具，你执行命令时触发了Java环境内的同名工具，才会返回Java路径相关报错。你之前创建软连接、修改JAVA_HOME的操作都属于错误操作，会影响Java环境正常运行，需要先清理。

第一步：清理错误操作 #

• 删除你错误创建的apt软连接，执行命令：
  sudo rm /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk9.0.4.jdk/Contents/Home/bin/apt
• 如果你是临时在当前终端执行的export JAVA_HOME='/usr/bin/Java'，关闭当前终端重新打开即可恢复；如果你将该配置写入了~/.bash_profile或~/.zshrc配置文件，打开对应文件删除该行配置即可。

第二步：安装bowtie2 #

方案1：使用你已下载到桌面的安装包 #

• 找到桌面上下好并解压的bowtie2文件夹，进入文件夹内的bin目录，确认该目录下存在bowtie2等可执行文件
• 将该bin目录路径添加到系统环境变量，执行以下命令（注意将命令中bowtie2-xxx替换为你实际解压得到的文件夹名称）：
  echo 'export PATH="$HOME/Desktop/bowtie2-xxx/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile
• 执行以下命令让配置立即生效：
  source ~/.bash_profile
• 验证安装是否成功，执行命令：
  bowtie2 --version
  如果返回版本号即代表安装成功。

方案2：通过Homebrew包管理器安装 #

如果你的设备已经安装了Homebrew，直接执行以下命令即可自动完成安装：
brew install bowtie2
安装完成后同样用bowtie2 --version验证即可。 #

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ken Hsu