如何使用Python从日期中提取epi Week?pandas调用epiweeks报错如何解决
错误原因
Week.fromdate() 方法仅支持传入单个 datetime 类型对象,你传入的是 pandas 的 Series 整列数据,方法无法识别序列类型,因此抛出属性不存在的报错。
修复方案
你可以通过 apply 方法逐行处理日期列,适配 epiweeks 库的调用规则:
import pandas as pd from epiweeks import Week, Year a= [('2021-06-11 00:00:00'), ('2021-06-11 00:00:00'), ('2021-06-11 00:00:00'), ('2021-06-11 00:00:00'), ('2021-06-11 00:00:00'), ('2021-06-11 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00'), ('2021-06-18 00:00:00')] b = [25,58,65,45,47,85,96,36,25,14,25,78,75] fecha = pd.DataFrame(list(zip(a,b))) fecha[0] = pd.to_datetime(fecha[0]) # 逐行调用fromdate,可根据需要选择周体系,system可选'cdc'或'iso' fecha['epiweek_obj'] = fecha[0].apply(lambda x: Week.fromdate(x, system='cdc')) # 仅提取周数的话追加.week属性即可 fecha['epiweek_num'] = fecha['epiweek_obj'].apply(lambda x: x.week)
其他提取流行病学周的实现方式
- 用pandas内置方法(仅支持ISO标准周,每周从周一开始,每年第一个周包含1月4日)
pandas 1.1.0及以上版本可直接调用dt.isocalendar():
低版本pandas可以用apply调用datetime对象的isocalendar方法:# 直接提取ISO周数 fecha['iso_week'] = fecha[0].dt.isocalendar().weekfecha['iso_week'] = fecha[0].apply(lambda x: x.isocalendar()[1]) - 自定义周规则实现
如果需要适配特殊的周起始日、周计数规则,可以自己写偏移计算逻辑,比如要实现周日为起始的周计数:# 周日为一周第一天的周数计算 fecha['custom_week'] = (fecha[0] - pd.Timedelta(days=6)).dt.isocalendar().week
注意:不同周计数体系的结果存在差异,epiweeks库默认使用美国CDC的MMWR周规则(每周从周日开始,每年第一个周至少有3天属于新的一年),和ISO周规则输出结果可能不同,需要根据你的业务需求选择对应方案。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Gerald Vasquez Aleman
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