R语言运行PCA代码出现ggrepel标签重叠警告如何解决？

• 该警告并非来自PCA计算过程，你运行的res <- PCA(decathlon, quanti.sup = 11:12, quali.sup = 13, ind.sup = 1:5)代码本身计算没有问题，警告是后续使用factoextra等包绘制PCA可视化图、开启标签自动避让（repel = TRUE）时，由ggrepel包的标签布局算法触发。
• ggrepel的默认逻辑是避免标签互相重叠、也避免标签覆盖散点，内置的max.overlaps参数默认值为10，当图中需要展示的标签数量过多、布局空间不足时，算法会自动放弃放置部分无法找到合理位置的标签，你收到的提示就是有1个点的标签因重叠过多被跳过了。

注：该警告仅影响可视化展示效果，不会改变PCA分析的计算结果，无业务正确性影响。

• 方案1：调大重叠检查阈值，在绘制PCA图的函数中添加ggrepel的参数即可，如果你使用factoextra的绘图函数，可以直接指定ggrepel.max.overlaps参数，示例代码：

  # 绘制样本得分图时调大重叠阈值
  fviz_pca_ind(res, geom = "text", repel = TRUE, ggrepel.max.overlaps = Inf)
  

  数值可以根据你的标签数量调整，设为Inf时会完全关闭重叠检查，强制展示所有标签。
• 方案2：减少展示的标签数量，不需要给所有样本/变量加标签，仅保留你需要重点关注的内容即可，比如仅展示指定样本的标签：

  # 仅给名称为sample1、sample2的两个样本加标签
  fviz_pca_ind(res, geom = "text", repel = TRUE, select.ind = list(name = c("sample1", "sample2")))
  

• 方案3：缩小标签占位空间，通过调整标签字号、边距参数降低单个标签的占用面积，减少重叠概率：

  fviz_pca_ind(res, geom = "text", repel = TRUE, labelsize = 3, ggrepel.args = list(point.padding = 0.1))
  

• 方案4：直接忽略警告，如果缺失的1个标签对你的分析没有影响，不用做任何处理，不会影响PCA结果的准确性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bouregaa Samiha