如何在RHEL7系统上安装R语言copula包并解决GSL相关报错

前置清理 #

先在R环境中移除残留的失败安装包，无残留可跳过：

remove.packages(c("gsl", "copula"))

配置GSL动态库搜索路径 #

手动编译的GSL默认安装到/usr/local/lib目录，系统默认未纳入动态库搜索范围，执行以下操作添加路径：

• 写入GSL库路径到系统动态库配置：

sudo echo "/usr/local/lib" > /etc/ld.so.conf.d/gsl.conf

• 刷新系统动态库缓存：

sudo ldconfig

• 验证libgsl.so.25可被识别：

ldconfig -p | grep libgsl.so.25

有输出则表示配置生效。

配置gsl-config路径 #

R的gsl包安装时需要调用gsl-config工具，手动编译的该工具默认在/usr/local/bin目录，可在安装R包前先在终端执行以下命令临时指定路径：

export GSL_CONFIG=/usr/local/bin/gsl-config

如需永久生效，可将上述语句添加到ROpen的环境配置文件/opt/microsoft/ropen/3.5.3/lib64/R/etc/Renviron中。

重新安装copula包 #

回到R环境执行安装命令：

install.packages("copula", dependencies = TRUE)

兼容兜底方案 #

如果上述操作后仍然报错，说明当前系统版本与最新GSL适配性不足，可先安装适配旧版GSL的历史版本R gsl包，再安装copula即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sfusato