使用mutate调换gtsummary分组列后计算得到的差值为负数问题

你遇到的差值符号不符合预期的问题，核心是add_difference()默认的差值计算逻辑和你需要的方向不匹配：
tbl_summary的by组列显示顺序由分组变量的因子水平决定，而add_difference()默认的差值计算规则是「by变量的第二个因子水平 减去 第一个因子水平」，和你预期的计算方向正好相反，所以会出现本应为正的差值显示为负的情况。

你不需要调整数据集的行顺序或者因子水平，直接在add_difference()中添加reverse = TRUE参数反转差值计算方向即可，修改后的代码如下：

homesurvey %>%
  select(period, CB2.Textbooks, CB2.Magazines, CB2.Newspapers, CB2.Religious_books, CB2.Coloring_books, CB2.Comics) %>%
  mutate(period = forcats::fct_rev(period)) %>%
  tbl_summary(by = period,
              statistic = all_continuous() ~ "{n} ({sd})",
              label = list (CB2.Textbooks ~ "Textbooks",
                            CB2.Magazines ~ "Magazines",
                            CB2.Newspapers ~ "Newspapers",
                            CB2.Religious_books ~ "Religious books",
                            CB2.Coloring_books ~ "Coloring books",
                            CB2.Comics ~ "Comics")
              )%>%
  add_difference(reverse = TRUE) %>%
  modify_column_hide(ci)

如果你不想通过反转因子调整列显示顺序，也可以通过ref_group参数明确指定差值计算的参考组，配合modify_column_move()调整列的展示顺序即可，两者逻辑独立不会互相干扰。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rote Grutze