RMarkdown knit为PDF时alpha函数报错，如何用base R实现直方图透明叠加

报错原因 #

alpha()不是base R的原生函数，它来自scales等第三方扩展包。你交互式运行代码时工作环境已经提前加载了对应包，所以可以正常运行；但knit生成PDF时R会启动独立的干净会话，未加载对应包就会触发找不到函数的报错。

原生解决方案 #

直接使用base R内置的adjustcolor()函数实现透明度调整，该函数属于默认加载的grDevices包，无需额外安装加载任何第三方包，完美适配PDF导出场景。
你只需要将代码中调用alpha()的部分替换为adjustcolor()即可，修改后可直接正常knit的完整代码如下：

a = rnorm(100, 1)
b = rnorm(100, 3)
h1 = hist(a, plot = F)
h1$density = h1$counts/sum(h1$counts)
h2 = hist(b, plot = F)
h2$density = h2$counts/sum(h2$counts)

{
  plot(h1
     , freq=F
     , col=adjustcolor('green', alpha.f = 0.5)
     , xlim=c(-3, 7)
     , ylim=c(0,0.35)
     , ylab='Proportion'
     , xlab=""
     , main=""
     )
  plot(h2
     , freq=F
     , col=adjustcolor('blue', alpha.f = 0.5)
     , xlim=c(-3, 7)
     , ylim=c(0,0.35)
     , ylab='Proportion'
     , add=T)
}

可选替代方案（非原生） #

如果你仍想使用alpha()函数，只需在代码块开头显式加载scales包即可，注意要确保你的环境已经安装该包：

library(scales)
# 后续原有代码不变

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ben_aaron