结合FastAPI将多脚本DNA序列工具封装为多选项WebAPI

1. 核心调整逻辑 #

原命令行模式是从sys.argv读取输入，FastAPI场景下直接从接口请求参数获取输入即可。建议每个工具对应一个独立接口，更符合你给出的调用示例规范。不要把Sequence实例初始化放在全局位置，避免并发请求时参数互相覆盖。

2. 完整调整后代码 #

from clases.sequence import Sequence
from clases.read_file import Read_file
from fastapi import FastAPI

app = FastAPI()

# 长度计算接口，完全匹配你给出的调用示例
@app.get("/length")
def calculate_length(input: str):
    # 用请求传入的input参数初始化Sequence，替换原有的sys.argv读取逻辑
    dna = Sequence(input)
    return {"result": dna.length()}

# 其他工具可以按照相同逻辑新增接口，比如GC含量计算示例
@app.get("/gc_content")
def calculate_gc(input: str):
    dna = Sequence(input)
    # 假设Sequence类已实现gc()方法，直接调用返回即可
    return {"result": dna.gc()}

# 保留原命令行执行逻辑，加入口判断避免FastAPI启动时自动执行，方便本地调试
if __name__ == "__main__":
    import sys
    if len(sys.argv) > 1:
        user_input = sys.argv[1]
        dna = Sequence(user_input)
        print("Length:")
        print(dna.length())
        print("\n")

3. 测试验证方式 #

• 启动服务：执行uvicorn main:app --reload
• 访问测试：浏览器输入http://127.0.0.1:8000/length?input=TATA，即可得到返回结果{"result":4}
• 也可以直接访问FastAPI自带的接口调试页面http://127.0.0.1:8000/docs，可视化传参测试所有接口

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Manolo Dominguez Becerra