R语言按驼鹿分组计算超温度阈值天数乘超温值的热应激指数

我正在使用R处理驼鹿遥测数据集，数据包含多只驼鹿个体、每只驼鹿每日多条GPS定位记录以及每日采集的温度数据。我需要构建热应激指数，具体规则如下：

• 统计单只驼鹿经历温度高于-5℃的连续天数，将该天数乘以超过阈值的温度差值
• 每次温度低于-5℃时，高于阈值的天数计数重置
• 温度低于-5℃的数据点对应指数值设为NA，不需要计算这部分的指数

由于不同驼鹿的定位采集日期并不完全重合，上述计算需要按每只驼鹿单独执行。

我现有数据集包含Moose（驼鹿个体编号）、Date（记录日期）、Temperature（当日温度）字段，需要生成目标列TempIndex（热应激指数），示例效果如下：
例如2013-01-01驼鹿1（M1）和驼鹿2（M2）所处环境温度为2℃，比-5℃阈值高7℃，且是连续高于阈值的第2天，因此生成的指数为14（即2*7）。

示例代码和数据如下：

Moose <- c('M1','M1','M1','M1',
           'M1','M1','M1','M1',
           'M1','M1','M1','M1',
           'M2','M2','M2','M2',
           'M2','M2','M2','M2',
           'M2','M2','M2','M2')

Date <- as.Date(c('2012-12-30','2012-12-31','2012-12-31','2013-01-01',
                  '2013-01-01','2013-01-01','2013-01-02','2013-01-02',
                  '2013-01-03','2013-01-03','2013-01-04','2013-01-04',
                  '2012-12-30','2012-12-30','2012-12-31','2012-12-31',
                  '2013-01-01','2013-01-01','2013-01-02','2013-01-02',
                  '2013-01-02','2013-01-03','2013-01-04','2013-01-04'))

Temperature <- c(-6,-4,-4, 2,
                  2, 2,-8,-8,
                  1, 1,-9,-9,
                 -6,-6,-4,-4,
                  2, 2,-8,-8,
                 -8, 1,-9,-9)

TempIndex <- c(NA, 1, 1,14,
               14,14,NA,NA,
                6, 6,NA,NA,
               NA,NA, 1, 1,
               14,14,NA,NA,
               NA, 6,NA,NA)

dat <- data.frame(Moose,Date,Temperature,TempIndex)

dat

运行后输出的数据集结构如下：

Moose       Date Temperature TempIndex
1     M1 2012-12-30          -6        NA
2     M1 2012-12-31          -4         1
3     M1 2012-12-31          -4         1
4     M1 2013-01-01           2        14
5     M1 2013-01-01           2        14
6     M1 2013-01-01           2        14
7     M1 2013-01-02          -8        NA
8     M1 2013-01-02          -8        NA
9     M1 2013-01-03           1         6
10    M1 2013-01-03           1         6
11    M1 2013-01-04          -9        NA
12    M1 2013-01-04          -9        NA
13    M2 2012-12-30          -6        NA
14    M2 2012-12-30          -6        NA
15    M2 2012-12-31          -4         1
16    M2 2012-12-31          -4         1
17    M2 2013-01-01           2        14
18    M2 2013-01-01           2        14
19    M2 2013-01-02          -8        NA
20    M2 2013-01-02          -8        NA
21    M2 2013-01-02          -8        NA
22    M2 2013-01-03           1         6
23    M2 2013-01-04          -9        NA
24    M2 2013-01-04          -9        NA

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kelly.M