如何在排序空间绘制NMDS变化轨迹？ecotraj包运行报错如何解决？

这个报错的根本原因是你给trajectoryPCoA()传入的第一个参数不符合函数要求：

• trajectoryPCoA()的第一个入参要求是所有样本两两之间的相异度矩阵（比如你做NMDS分析前基于物种丰度计算的Bray-Curtis距离矩阵等），但你当前传入的是metaMDS输出的2维NMDS坐标，参数类型完全不匹配。
• 函数内部调用cmdscale()做主坐标分析时，会把你传入的2列坐标错误识别为相异度矩阵处理，计算得到的有效维度n过小，要求的降维维数k超出了{1,2,...,n-1}的合法范围，最终触发该报错。
  另外你提取sites和time时使用了单括号[c(1)]，提取得到的是单列数据框而非向量，也可能引发参数匹配异常。

你可以根据需求选择两种修复方案：

• 方案1：基于已有的NMDS坐标绘制轨迹
  如果你不需要重新做PCoA，只想用已经算好的NMDS坐标绘制生态轨迹，直接换用trajectoryPlot()函数即可，这个函数专门接收已降维的坐标作为输入，修改后代码如下：

  library(ecotraj)
  # 用双括号提取为向量，避免单括号保留数据框结构
  sites <- NMDS_coords[[1]]
  time <- NMDS_coords[[2]]
  # 提取两列NMDS坐标
  nmds_axes <- NMDS_coords[, c(3,4)]
  
  trajectoryPlot(nmds_axes, sites, time,
                 survey.labels = TRUE)
  

• 方案2：基于相异度矩阵做PCoA后绘制轨迹
  如果你确实需要在PCoA的排序空间中绘制轨迹，将第一个参数替换为你当初做NMDS分析时使用的相异度矩阵即可，示例代码如下：

  # 假设你之前计算的相异度矩阵为bray_dist
  trajectoryPCoA(bray_dist, sites, time,
                 survey.labels = TRUE)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nichola