Bash遍历指定路径下一级子目录执行脚本仅运行一次如何修复

问题原因 #

你的脚本循环提前终止是两个错误共同导致的：

1. 全局开启了set -e参数，只要任意命令返回非0退出码就会直接终止整个脚本，若第一个执行的recon1.sh返回非0退出码，整个批量脚本会直接停止
2. 冗余的cd ..逻辑错误：你执行recon1.sh时用了子shell（括号包裹的命令块），子shell的目录切换不会影响父脚本的工作目录，额外执行的cd ..会导致第一次循环结束后父脚本退出通路根目录，后续循环找不到目标蛋白子目录

修复后完整代码 #

#!/bin/bash
# -*- coding: utf-8 -*-
    
set -e
current_path=$(pwd)

pathway_name=$1
path_to_folder="${HOME}/ProjName/pathways/${pathway_name}"
path_to_software_folder="${HOME}/ProjName/software"

# 提前校验通路目录合法性
if [ ! -d "${path_to_folder}" ]; then
  echo "错误：指定的通路目录 ${path_to_folder} 不存在，请检查输入参数"
  exit 1
fi

echo "----running batch_reconcile1.sh on pathway: $*"

for fol in "${path_to_folder}"/*/; do
  [ -d "${fol}" ] || continue ## 非目录直接跳过
  dirname="$(basename "${fol}")"
  # 子shell执行任务，单任务失败仅打印警告不终止全局循环
  (cd "${fol}" && bash "${path_to_software_folder}/recon1.sh" "${dirname}" ) || echo "警告：处理蛋白目录 ${dirname} 时出现异常，已跳过继续处理后续任务"
done

# 执行完成回到脚本启动时的工作目录
cd "${current_path}"

改动说明 #

• 所有变量引用增加双引号，避免路径包含空格、特殊字符时执行报错
• 移除了错误的cd ..语句，避免父脚本工作目录被意外切换
• 为recon1.sh的执行逻辑增加了异常捕获，单个蛋白目录处理失败不会终止整个批量任务，兼容全局set -e的错误检查规则
• 新增通路目录存在性校验，提前拦截参数输入错误的场景

内容的提问来源于stack exchange，提问作者007