R语言简单逻辑回归绘图无法正确显示p值问题求助

• 第一个stat_fit_glance报错的核心原因：你在method.args中传入了formula = formula，formula是R内置函数，属于closure类型，并没有指向你逻辑回归用到的具体公式y~x，程序无法解析所以抛出"object of type 'closure' is not subsettable"错误。
• stat_fit_tidy的"no applicable method for 'tidy'"报错：ggpmisc的模型结果提取功能依赖broom包提供的tidy()/glance()方法，你没有安装或加载broom包，无法解析glm对象的输出。
• 最终运行后p值与手动计算、lrm结果不符的原因：大概率是包版本冲突（你之前加载的rms包会覆盖部分glm相关的方法），或者stat_fit_tidy提取的是模型截距项的p值，而非你需要的ancestry自变量的Wald检验p值，也可能是默认用了似然比检验的p值，和lrm输出的Wald检验p值逻辑不同。

优先推荐最稳妥、不会出现结果偏差的方案：手动提取模型结果后用annotate添加文本，不需要依赖ggpmisc的动态计算，结果100%和你拟合的model一致：

library(ggplot2)
# 读取数据、拟合模型
da <- read.table('data.txt', header=TRUE)
model <- glm(variable ~ ancestry, family=binomial, data=da)
# 提取ancestry的系数和p值：系数表第二行对应ancestry的结果，第四列为p值
p_val <- summary(model)$coefficients[2,4]
coef_val <- summary(model)$coefficients[2,1]

# 绘图
ggplot(da, aes(x = ancestry, y = variable)) + 
  geom_point(alpha=.5, aes(color=colorsite)) + 
  stat_smooth(method="glm", se=FALSE, method.args = list(family=binomial)) +
  # 手动添加文本，x和y的位置可以根据自身数据范围调整
  annotate("text", x = min(da$ancestry), y = 0.9, 
           label = sprintf("Coef = %.3g\np-value = %.3g", coef_val, p_val),
           hjust = 0)
ggsave("test.pdf")

如果你一定要用ggpmisc的自动计算功能，修正代码如下：需要先加载broom包，同时避免和rms包同时加载引发方法冲突：

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
library(broom) # 必须加载，为glm对象提供tidy方法

da <- read.table('data.txt', header=TRUE)

ggplot(da,aes(x = ancestry,y = variable)) + 
  geom_point() +
  stat_smooth(method="glm",se=FALSE,method.args = list(family=binomial)) +
  stat_fit_tidy(method = "glm",
                method.args = list(family=binomial, formula = y~x),
                # 明确提取自变量对应的系数和p值
                mapping = aes(label = sprintf("Coef = %.3g\np-value = %.3g",
                                              after_stat(x_estimate),
                                              after_stat(x_p.value))),
                label.x = "left", label.y = "top")
ggsave("test.pdf")

如果还是出现p值不符的情况，直接使用第一种手动提取的方案即可，动态计算的统计层容易受包依赖、环境冲突影响，手动提取的结果完全和你拟合的model一致，不会出错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者dnv89