R语言dataframe长格式转宽格式：按sample生成病毒存在与否0-1标识

需求：将包含virus、sample、cond三个字段的长表，转换为以virus为行标识、每个sample取值为单独列的宽表，cond字段中Present映射为1，Absent映射为0。

方法1：tidyverse生态实现（推荐，写法简洁） #

# 加载依赖包
library(tidyverse)

# 数据转换逻辑
df.out <- df %>%
  # 先将cond文本转换为0/1数值
  mutate(cond = ifelse(cond == "Present", 1, 0)) %>%
  # 长表转宽表：列名取自sample字段，值取转换后的cond
  pivot_wider(names_from = sample, values_from = cond)

方法2：base R实现（无需安装额外依赖包） #

# 转换cond为0/1数值
df$cond <- ifelse(df$cond == "Present", 1, 0)
# 调用reshape做长转宽
df.out <- reshape(df, idvar = "virus", timevar = "sample", direction = "wide")
# 清理列名默认前缀
colnames(df.out) <- gsub("cond\\.", "", colnames(df.out))
# 重置行号
rownames(df.out) <- NULL

输出验证 #

两种方法运行后打印df.out均可得到目标结果：

> df.out
   virus A B
1 virusA 1 0
2 virusB 1 1
3 virusC 0 1

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2300940