如何在bash终端中使用for循环批量对sorted.bam文件执行samtools索引操作

直接用通配符匹配当前目录下所有.sorted.bam文件遍历执行即可，完整代码如下：

for bam_file in *.sorted.bam
do
  samtools index "$bam_file"
done

也可以写成单行命令直接在终端运行：
for bam_file in *.sorted.bam; do samtools index "$bam_file"; done

实用建议 #

• 变量外的双引号不可省略，可以兼容文件名带空格、特殊符号的场景，避免执行出错
• 正式执行前可先执行for bam_file in *.sorted.bam; do echo "$bam_file"; done，确认匹配到的文件都是你需要处理的目标文件，避免误操作
• 执行完成后每个bam文件同级目录会生成对应的.bai后缀索引文件

内容的提问来源于stack exchange，提问作者adR