如何修改pheatmap热图中列注释分组Control与Treated的显示颜色？

解决方法 #

你可以通过pheatmap的annotation_colors参数自定义列分组的注释颜色，操作步骤如下：

1. 先构造自定义颜色列表，列表结构需要和你的注释信息对应：

# 自定义分组注释颜色，可自行替换为你需要的色值
anno_colors <- list(
  # 外层名称必须和注释数据框group_df的列名「Groups」完全一致
  Groups = c(
    # 内层命名必须和分组的取值完全对应，色值支持十六进制或R内置颜色名
    Control = "#2E8B57", 
    Treated = "#FFD700"
  )
)

2. 在调用pheatmap绘图时，新增annotation_colors参数传入上述列表即可，完整绘图代码如下：

pheatmap(test, cluster_cols = FALSE, scale = 'row',
            annotation_col = group_df,
            annotation_colors = anno_colors, # 新增这一行传入自定义颜色
            show_colnames = FALSE,
            border_color = "white",
            colorRampPalette(c("#00FF00", "white", "#DC143C"))(75),
            gaps_col = cumsum(c(5,5)))

注意事项 #

• 自定义颜色列表的外层键名必须和注释数据框的列名完全匹配，大小写、拼写不能有差异
• 颜色列表内层的键名必须和分组的实际取值完全对应，数量要和分组数一致
• 颜色可以用R内置的颜色名称（如"blue"、"orange"），也可以用十六进制颜色码，可按需自定义

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2110417