如何在bash中使用curl/wget下载ENA接口动态生成的tsv文件

错误原因 #

• 核心问题是Bash将URL中的&字符识别为「后台执行命令」的特殊标识符，未加引号的URL会被自动拆分，导致请求参数缺失
• 第一次执行时多个参数被拆成独立后台任务，所以出现后台任务触发、主机解析错误的提示
• 第二次执行时只传递了第一个accession参数，后续参数全部丢失，所以服务器返回Required String parameter 'result' is not present的报错

正确操作方案 #

curl下载方案 #

自动使用服务器返回的文件名保存

curl -O -L 'https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=SRP002480&result=read_run&fields=fastq_ftp&format=tsv&download=true&limit=0'

自定义保存文件名（示例为保存为SRP002480_fastq.tsv）

curl -L 'https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=SRP002480&result=read_run&fields=fastq_ftp&format=tsv&download=true&limit=0' -o SRP002480_fastq.tsv

wget下载方案 #

wget 'https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=SRP002480&result=read_run&fields=fastq_ftp&format=tsv&download=true&limit=0'

注意事项 #

所有包含&、?、空格等特殊字符的URL，在Bash中执行请求时都需要用单引号/双引号完整包裹，避免特殊字符被Bash解析导致请求异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kairilove09