如何使用grep或awk提取csv中与txt列表匹配的目标行

问题原因 #

你写的awk命令存在3处错误，导致无法得到预期结果：

• 参数使用错误：指定分隔符的参数是-F，你写的-f是用于加载awk脚本文件的参数，功能完全不匹配
• 分隔符配置错误：你的csv文件使用分号作为分隔符，但你配置的分隔符为逗号
• 没有提前加载待匹配的基因ID：$1==text.txt的写法是无效的，awk无法直接识别text.txt为待匹配的文件内容，需要先把目标ID加载到内存中再判断匹配

正确实现命令 #

使用以下awk命令即可完成需求：

awk -F ';' 'NR==FNR {ids[$0]=1; next} $1 in ids' text.txt csvfile.csv > new.csv

命令逻辑说明 #

• -F ';'：指定输入文件的字段分隔符为分号，匹配你的csv文件格式
• NR==FNR {ids[$0]=1; next}：处理第一个输入文件text.txt时，将所有基因ID存入ids数组中，处理完text.txt前不会执行后续逻辑
• $1 in ids：处理第二个输入文件csvfile.csv时，判断当前行的第一个字段（基因ID）是否存在于ids数组中，存在则输出整行内容，最终输出的内容会保留原行所有字段

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bart joosten