如何使用Plink2在命令行运行GWAS？--file参数报错如何解决

--file是Plink 1.x版本专属的读取ped/map格式文件的参数，Plink2全版本均未兼容该参数，因此运行plink2 --file hapmap1时会触发无法识别参数的报错。

解决方案 #

场景1：继续使用Plink2运行分析 #

• 先将现有ped/map格式文件转换为Plink2专属的pgen/pvar/psam格式，执行转换命令：
  plink2 --ped hapmap1.ped --map hapmap1.map --make-pgen --out hapmap1
• 后续分析时使用--pfile参数替换原--file参数读取转换后的文件，示例命令如下：
  plink2 --pfile hapmap1 [补充你的GWAS分析相关参数]
• 额外说明：如果你的输入文件为Plink 1.x二进制bed/bim/fam格式，可直接使用--bfile参数读取，无需格式转换，该参数在Plink2中可正常识别。

场景2：沿用现有教程命令无需转换文件 #

直接安装Plink 1.9版本，运行原命令即可正常执行：
plink --file hapmap1

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shelby Labuschagne