在R中加载GAPIT、FarmCPU资源报错无法打开连接如何解决？

运行加载代码后报错：
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection
In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: 'The hostname of this certificate does not is valid or does not match'

R默认开启SSL证书校验，目标站点原HTTP链接已强制跳转HTTPS，但站点SSL证书配置不符合R的校验规则，导致网络连接被拦截，无法拉取在线脚本。

• 方法1：临时关闭SSL校验后在线加载
  先调整R的全局下载参数临时跳过SSL校验，加载完成后恢复默认规则避免后续安全风险，代码如下：

  # 配置下载参数，跳过SSL校验
  options(download.file.method = "libcurl")
  options(download.file.extra = "-k")
  
  # 使用HTTPS协议加载资源
  source("https://www.zzlab.net/GAPIT/emma.txt")
  source("https://www.zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")
  source("https://www.zzlab.net/FarmCPU/FarmCPU_functions.txt")
  
  # 恢复默认SSL校验规则
  options(download.file.extra = "")
  

• 方法2：手动下载资源到本地加载
  网络不稳定的情况下可以直接将三个脚本文件下载到R的当前工作目录（可通过getwd()命令查看本地工作目录路径），之后直接读取本地文件即可，无需走网络请求：

  # 加载本地脚本
  source("emma.txt")
  source("gapit_functions.txt")
  source("FarmCPU_functions.txt")
  

• 方法3：直接安装打包好的GAPIT包
  新版GAPIT已经整合了FarmCPU功能，不需要单独在线加载零散函数脚本，提前安装好所有依赖包后直接安装GAPIT离线包，后续调用时直接加载包即可：

  # 先安装依赖包
  install.packages(c("mlmm", "gplots", "LDheatmap", "genetics", "ape", "EMMREML", "scatterplot3d"))
  # 安装完成后加载GAPIT包
  library(GAPIT)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Reberth Renato da Silva