R用lapply、list.files批量导入txt、csv文件报invalid 'description'错误如何解决

报错产生原因 #

1. 路径参数设置错误：list.files函数中你设置了full.names = FALSE，该参数为FALSE时仅返回无路径前缀的纯文件名，若R当前工作目录和数据文件的实际存储目录不匹配，文件读写函数无法定位到目标文件，就会抛出路径无效的错误。
2. 文件匹配规则错误：你写的pattern = ".txt|csv"是不符合需求的正则表达式：.在正则语法中代表任意字符，且你没有锚定文件名末尾，会误匹配所有文件名中包含txt、csv连续字符的文件，最终得到的文件列表可能和你预期的5个txt+1个csv的数量、排序完全不符。
3. 硬编码取文件索引的风险：你直接用data[1:5]取txt文件、data[6]取csv文件，但list.files返回的文件名默认按字典序排序，不一定符合你预期的顺序；如果匹配到的文件总数不足6个，data[6]会返回NA值，传入读写函数就会直接触发该报错。

解决方法 #

• 修正list.files的参数，将full.names设为TRUE，获取文件的完整绝对路径，彻底避免工作目录不匹配的问题
• 修正正则匹配规则，改为pattern = "\\.(txt|csv)$"：\\.转义后匹配后缀名前的点，$锚定文件名末尾，只会匹配后缀为txt、csv的文件
• 放弃硬编码索引取文件，改为按后缀筛选文件，避免文件排序不符合预期的问题

修正后的可运行代码 #

# 获取所有符合要求的txt、csv文件的完整路径
all_data_files <- list.files(getwd(),  
                 pattern = "\\.(txt|csv)$",
                 full.names = TRUE,
                 recursive = FALSE)

# 按后缀分别筛选txt和csv文件
txt_file_list <- all_data_files[grepl("\\.txt$", all_data_files)]
csv_file_list <- all_data_files[grepl("\\.csv$", all_data_files)]

# 批量读入所有txt文件
data_appli <- lapply(txt_file_list, read.table, 
                    header = TRUE, dec = ".",
                    sep = "\t", quote = "\n", skip = 0)

# 读入csv文件并追加到列表（如果有多个csv也可以用lapply批量读）
GEU <- read.csv2(csv_file_list[1], row.names = 1, 
               stringsAsFactors = TRUE)
data_appli[[length(data_appli) + 1]] <- GEU

调试小技巧：运行读文件代码前可以先打印txt_file_list和csv_file_list，确认匹配到的文件数量、文件名和你预期的一致，避免误匹配冗余文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yabi Abdou