基于差异表达基因构建PPI网络及获取cytoHubba互作文件的方法咨询

第一步：先完成差异基因预筛选（避免PPI网络过度密集） #

• 合并三列差异基因后，先按校正后P值<0.05且|log2FC|≥1的标准初筛，要是初筛后基因数仍超过500，可进一步收紧阈值到校正后P值<0.01、|log2FC|≥1.5，最终把待分析基因数控制在100~300区间即可，这个范围的基因构建的PPI网络清晰度和信息完整度平衡最好。

第二步：获取PPI互作关系数据 #

• 将筛选得到的基因统一转换为Gene Symbol格式，导入蛋白互作数据库检索，选择对应研究物种，置信度阈值设置为中等及以上（对应得分≥0.4），过滤掉无任何互作关系的游离节点，导出所有互作对数据。

第三步：生成Cytoscape/cytoHubba兼容的互作文件 #

• 导出的互作数据默认包含互作蛋白A、互作蛋白B两列核心信息，直接保留这两列，删除其他冗余列后，另存为.csv或.tsv格式即可，该文件可以直接导入Cytoscape构建网络，不需要额外格式转换。
• 如果需要给基因添加属性信息方便后续分析（比如每个基因的log2FC、校正P值用于网络配色），可以单独制作节点属性文件：第一列为Gene Symbol，后续列依次放置对应的属性值，另存为单独的.csv文件，导入Cytoscape时先导入互作文件构建网络，再导入节点属性文件匹配到对应节点即可。

第四步：cytoHubba核心基因筛选 #

• 互作网络导入Cytoscape后可直接调用cytoHubba插件，选择常用的核心基因筛选算法（如MCC、Degree、Betweenness等）计算节点得分，直接提取排名前10的节点即可得到目标核心基因。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CaitlinG