ggplot2调用stat_smooth拟合非线性标准曲线出现p参数缺失报错

核心错误原因 #

报错的根本原因是stat_smooth()的method参数配置错误：

• 你选用的method = "nlm"不符合调用要求：nlm是非线性最小二乘优化函数，它的第一个输入参数要求是返回残差平方和的自定义函数，不支持直接传入公式对象，与stat_smooth()的接口逻辑不匹配，才会触发"argument 'p' is missing"的报错。
• 你前期拟合参数用的是nls函数，nls本身支持公式输入，完全适配stat_smooth()的调用规则，替换method参数即可解决问题。

修复后的代码修改点 #

你只需要将stat_smooth部分的代码替换为如下内容即可：

stat_smooth(method= "nls", 
            formula = y~a*x/(b+x),
            method.args = list(start = c(a = 3.8, b = 1457.2),
                               control = nls.control(maxiter = 100)),
            se=FALSE)

新增的nls.control参数用于放宽迭代次数，避免拟合收敛异常

补充说明 #

你之前使用的stat_regline_equation、stat_cor都是ggpubr提供的仅支持线性回归的工具函数，无法直接输出非线性拟合的方程与显著性指标，如果你需要在图上标注非线性拟合的a、b参数，可以先单独拟合nls模型提取参数，再用annotate()函数手动添加文本标注。

完整修正后代码 #

library(tidyverse)
library(ggpubr)
ggplot(data = STD, aes(x = Absorbance, y = STD)) +
  labs(title = "Quantifying PGD2 in cell culture lysates and its enzymatic reactions ",
       caption = "PGD2 ELISA")+
  geom_point(colour = "#69b3a2")+
  # 修正后的非线性拟合代码
  stat_smooth(method= "nls", 
              formula = y~a*x/(b+x),
              method.args = list(start = c(a = 3.8, b = 1457.2),
                                 control = nls.control(maxiter = 100)),
              se=FALSE)+
  xlab(expression(paste("%B/"~B[0])))+ 
  ylab(expression(paste("Prostaglandin"~ D[2], ~~ " MOX Concentration (pg/ml) ")))+
  
  theme(plot.background =  element_rect(fill = "transparent"),
        panel.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"))+
  
  theme(legend.spacing.y = unit(0.01, "cm"))+
  theme(legend.position = c(0.77, .91),
        legend.background = element_rect(colour = NA, fill = NA))+
  theme(plot.title = element_text(size = 12, face = "bold.italic"),
        plot.caption = element_text(hjust = 0))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Martin