R语言sink、capture.output函数使用问题：循环输出为空/动态生成文件名

问题1：repeat循环中sink导出文件内容为空 #

原因 #

R交互式环境下单独执行代码时，summary()返回的结果会被自动打印到控制台，因此sink()可以捕获到内容；但在循环内部，函数返回值不会自动打印，没有输出流被sink()捕获，最终生成的文件就为空。
另外注意你手动逐行编写的代码中增加了BvA == "Before"的过滤条件，模型公式也换成了Location*Season，如果循环代码需要和手动执行逻辑一致，要同步修改对应部分。

修正代码 #

i = 1
repeat{
  # 如需匹配手动代码逻辑，可在此处添加BvA过滤条件
  tableA<-subset(coral, Location=="D7")
  tableB<-subset(coral, Location==unique(coral$Location)[i])
  tab<-rbind(tableA,tableB)
  # 如需匹配手动代码逻辑，可在此处修改模型公式为Location*Season
  aov.res<-aov(cbind(AJ,A,DG,SG,EA)~Location*BvA,data = tab)
  sink(paste("BA X CI", i,".txt"))
  # 显式打印summary结果，让sink可以捕获输出
  print(summary(aov.res))
  sink()
  if(i >= 6) break
  i = i+1
}

问题2：capture.output无法拼接变量生成文件名 #

原因 #

你在capture.output的file参数位置传入了多个零散的字符串，R只会将第一个字符串识别为文件名，后续的i和.txt被判定为无效参数，因此只会生成名为BA X CI的文件。

修正代码 #

和sink的用法一致，用paste()函数拼接文件名的各个部分，作为file参数的完整值即可：

i = 1
repeat{
  tableA<-subset(coral, Location=="D7")
  tableB<-subset(coral, Location==unique(coral$Location)[i])
  tab<-rbind(tableA,tableB)
  aov.res<-aov(cbind(AJ,A,DG,SG,EA)~Location*BvA,data = tab)
  # 用paste拼接完整文件名
  capture.output(summary(aov.res), file = paste("BA X CI", i, ".txt")) 
  if(i >= 6) break
  i = i+1
}

额外优化建议 #

你可以用for循环代替repeat循环，代码更简洁，也不容易出现计数错误：

for (i in 1:6) {
  tableA<-subset(coral, Location=="D7")
  tableB<-subset(coral, Location==unique(coral$Location)[i])
  tab<-rbind(tableA,tableB)
  aov.res<-aov(cbind(AJ,A,DG,SG,EA)~Location*BvA,data = tab)
  capture.output(print(summary(aov.res)), file = paste("BA X CI", i, ".txt"))
}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者KELPman