knitr生成含图片flextable失败但RMarkdown代码块运行正常
报错根因
该xmlParseEntityRef: no name报错是officedown渲染flextable生成docx文档时,OXML(Office Open XML)格式解析失败导致的,触发原因集中在以下三点:
- 交互式运行代码和knitr编织的工作目录不一致,手动拼接
getwd()生成的图片路径存在&、中文、空格等特殊字符,触发xml转义异常 compose函数内插入了无意义的空文本chunk,生成了不合法的xml节点- 配置的docx模板路径缺少
.docx后缀,officedown读取模板时抛出隐性格式错误
解决方案
按以下步骤修改即可正常编织:
- 修正yaml配置的模板路径,补全文件后缀
- 代码中使用
knitr::fig_path()生成编织上下文下的合法图片路径,避免手动管理工作目录和文件名 - 删掉
compose内冗余的空文本chunk参数 - 显式设置flextable默认配置适配docx输出
修正后yaml示例
--- title: "something: `r params$program`" output: officedown::rdocx_document: reference_docx: "P:/Reference_doc.docx" params: program: "something" ---
修正后代码块示例
```{r overall1_flextable} library(flextable) # 显式设置flextable适配docx输出的默认配置 set_flextable_defaults() # 生成图表 plot_overall1 <- f_overall_cht(overall_chart1) # 调用knitr内置方法生成合法临时图片路径 img_path <- knitr::fig_path(prefix = "plotoverall1", suffix = ".png") ggsave(filename = img_path, plot = plot_overall1, width = 3.05, height = 0.37, dpi = 600, device = "png") example_tibble <- tibble( col_name = "chart to the right", chart = "" ) ft <- flextable(example_tibble) ft <- compose(ft, i=1, j=2, value = as_paragraph( as_image(src = img_path, width = 3.05, height = 0.37) ), part = "body" ) autofit(ft)
如果修改后仍报错,可将flextable、officedown、officer三个包更新到适配R4.1.2的最新CRAN版本即可。 内容的提问来源于stack exchange,提问作者Ryan
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