R Studio中使用system2()无法运行idemp程序该如何解决？

核心原因 #

你在WSL环境下编译的idemp为Linux平台专属的可执行二进制文件，无法直接在Windows原生的R Studio中通过Windows文件路径调用运行，这是运行无输出、无运行状态标识的根本原因。

可用解决方法 #

方案一：使用WSL版R与R Studio（兼容性最好） #

• 直接在WSL的Ubuntu环境中安装R和R Studio，所有开发操作均在WSL环境内完成
• 调用idemp时直接使用对应的Linux路径，示例如下：

idemp <- "/mnt/c/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp"
flags = paste("-b", barcode, "-I1", I1, "-R1", R1, "-R2", R2, "-o", demultiplexed_path)
system2(idemp, args = flags)

方案二：Windows版R Studio通过WSL命令调用idemp #

• 不切换R Studio版本，修改调用逻辑，通过wsl命令触发Linux二进制运行：

# idemp对应的WSL格式路径
idemp_wsl_path <- "/mnt/c/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp"
# 所有输入输出文件路径都需要同步转换为WSL可识别的/mnt/开头的Linux格式
flags = paste("-b", barcode_wsl_path, "-I1", I1_wsl_path, "-R1", R1_wsl_path, "-R2", R2_wsl_path, "-o", demultiplexed_wsl_path)
system2("wsl", args = c(idemp_wsl_path, flags))

• 运行前可先在WSL终端执行chmod +x /mnt/c/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp确保二进制文件有可执行权限。

方案三：编译Windows版本idemp #

• 在Windows环境下使用MinGW等编译工具，按照官方说明编译生成Windows专属的idemp.exe可执行文件，再在Windows版R Studio中直接指向该exe文件调用即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者aminards