运行R脚本终止提示无法读取snp_annot.chrNA.txt文件如何解决

• 报错的直接诱因是拼接snp注释文件名时，chrom变量取值为NA，生成了不存在的文件snp_annot.chrNA.txt，程序读取文件失败后终止运行。
• 最高发的原因是你在脚本第一行引入的外部脚本../code/gtex_v7_nested_cv_elnet.R内部也调用了commandArgs()读取运行参数，直接覆盖了你当前脚本中定义的argv变量，导致你读取argv[1]时拿到空值，赋值给chrom后变为NA。
• 也存在小概率的低级错误场景：你修改参数读取逻辑后没有保存脚本就执行，运行的仍是旧版本代码（旧版本中chrom对应argv[2]，你只传了1个参数所以取值为NA），或是运行环境异常导致参数没有正常传入。

• 先做快速排查：在argv <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)代码行下方新增打印逻辑，确认参数传入情况：

  print(paste0("传入参数总数：", length(argv), " 第一个参数值：", argv[1]))
  

  运行脚本后如果输出参数值为NA，即可确认是参数读取环节出现问题。
• 调整代码顺序，避免参数被覆盖：把外部脚本引入的逻辑移到参数读取、变量赋值之后：

  # 先处理当前脚本的参数读取和变量定义
  "%&%" <- function(a,b) paste(a,b, sep='')
  argv <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  chrom <- argv[1]
  
  # 再引入外部依赖脚本
  source("../code/gtex_v7_nested_cv_elnet.R")
  

• 确认执行的是修改后的最新脚本，执行命令Rscript gtex_tiss_chrom.R 1的路径和参数无错误。
• 若仍有问题可临时写死变量测试：将chrom <- argv[1]改为chrom <- "1"，运行后如果不再报文件名错误，即可完全确认是参数读取环节的问题，再针对性排查即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rhea Bedi