R语言aov()方差分析输出无显著性标识的原因及解决方法问询

R的summary.aov()函数默认仅当p值≤0.1时，才会显示对应的显著性标识，同时输出底部的显著性代码说明。你当前运行结果里组间效应的p值为0.522，远高于0.1的阈值，因此不会输出对应标识和说明行。

• 方法1：确认全局显著性星号展示设置
  如果确认自己的数据分析场景中p值会符合阈值要求，但始终没有显示标识，可以先检查并开启全局设置：

# 查看当前全局设置，默认返回TRUE
getOption("show.signif.stars")
# 手动开启全局显著性星号展示
options(show.signif.stars = TRUE)

开启后只要p值符合阈值要求，summary(aov1)会自动显示对应标识。

• 方法2：强制打印显著性标识与说明
  不管p值大小，都强制输出标识和说明行，直接调用print方法指定参数即可：

print(summary(aov1), signif.stars = TRUE, signif.legend = TRUE)

• 方法3：自定义显著性阈值
  如果需要给更高的p值也设置对应标识，可以自定义截断阈值和匹配符号：

# 示例：将最高阈值调整为0.6，给0.5-0.6区间的p值分配#标识
print(anova(aov1), 
      signif.stars = TRUE, 
      cutoffs = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 0.5, 0.6),
      symbols = c("***", "**", "*", ".", " ", "#"))

你可以修改示例数据的组均值制造显著差异，即可看到默认输出的标识：

set.seed(123) # 固定随机种子方便复现
group1 <- rnorm(n = 15, mean = 50, sd = 7)
group2 <- rnorm(n = 15, mean = 50, sd = 7)
group3 <- rnorm(n = 15, mean = 60, sd = 7) # 修改第三组均值放大组间差异

df1 <- cbind(group1, group2, group3) %>% 
  data.frame() %>%
  stack()

aov1 <- aov(values ~ ind, data = df1)
summary(aov1)

运行后输出会自动携带显著性标识和底部说明。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者estebancho