ggplot2中scale_fill_manual仅作用于图例不作用于条形的问题问询

问题原因与解决方法 #

你遇到的问题本质是fill映射的因子水平和scale_fill_manual里定义的颜色命名不匹配：

• 你当前把p_value_dif转为因子作为fill映射变量，这个因子的水平是4个不同的p差值：-0.04、-0.03、0.01、0.02
• 但你在scale_fill_manual里给颜色对应的命名是"Significant"和"Insignificant"，和实际因子水平完全对应不上，ggplot无法匹配颜色就会默认填充灰色。

你可以直接用数据框里已经存在的p-value category显著性分组列作为fill映射变量，修正后的完整代码如下：

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x=gene, 
               y=p_value_dif, 
               label=p_value_dif)) + 
  geom_bar(stat='identity', 
           aes(fill = as.factor(`p-value category`), # 列名含空格需用反引号包裹
               width=0.9)) +
  scale_fill_manual(name = "legend",
                    # 颜色命名要和因子实际水平一一对应
                    values = c("sig" = "black", "non-sig" = "orange"),
                    # 可通过labels参数自定义图例显示文本
                    labels = c("sig" = "Significant", "non-sig" = "Insignificant")) +
  coord_flip()

补充报错说明 #

你之前不转as.factor会报错Error: Continuous value supplied to discrete scale，是因为p_value_dif本身是连续数值变量，而scale_fill_manual是专为离散分类变量设计的颜色尺度，二者不兼容导致报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Adriana