如何提取包含SNP1至9对应alleles2的样本列并整理为关联表格

解决代码 #

你可以用以下R代码完成需求：

library(tidyverse)

# 构造匹配结果
result <- soil %>%
  # 把样本列转为长表
  pivot_longer(cols = starts_with("Sample"), names_to = "Sample", values_to = "genotype") %>%
  # 筛选基因型等于对应alleles2的行
  filter(genotype == alleles2) %>%
  # 按SNP分组，合并匹配的样本名
  group_by(SNPs, alleles2) %>%
  summarise(匹配样本 = paste(Sample, collapse = "、"), .groups = "drop")

# 输出表格
knitr::kable(result)

结果表格 #

运行上述代码后得到的整理结果如下：

如果需要每个样本单独拆分为列的格式，调整代码里的宽表转换逻辑即可，以上是最便于快速查看每个SNP对应匹配样本的格式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Vinod Kumar