如何在ggplot中将指定分类设为灰色并保证图例颜色匹配

问题原因 #

你的代码存在两个核心问题导致图例颜色不匹配：

1. 你给Unknown分组的点没有指定点形状，默认使用的是不需要fill属性的实心点（pch=16），你单独设置的color='grey'没有和全局的fill=pop映射绑定，图例无法识别这个单独设置的颜色
2. 两个点图层的美学映射规则不一致，图例只会继承全局映射的默认配色，不会自动匹配你给单个数据集设置的固定颜色

解决方法 #

你只需要统一两个图层的点形状，再通过scale_fill_manual手动指定Unknown分类的填充色即可，修改后的可复现代码如下：

library(ggplot2)
bgrd <- iris[iris$Species == 'virginica',]
ref <- iris[iris$Species != 'virginica',]

p <- ggplot() +
  # 统一使用带边框的填充点pch=21，保证都走fill映射
  geom_point(data=bgrd, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width, fill=Species), 
             pch=21, color='grey') +
  geom_point(data=ref, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width, fill=Species), 
             pch=21, color='black') +
  # 手动指定各分类的fill颜色，这里把对应Unknown的virginica设为灰色
  scale_fill_manual(values = c("setosa" = "#F8766D", "versicolor" = "#00BA38", "virginica" = "grey"))
p

对应到你的实际业务场景，修改后的代码如下：

library(data.table)
library(ggplot2)
data <- fread(data_path)
bgrd <- data[data$pop == 'Unknown',]
ref <- data[data$pop != 'Unknown',]

p <- ggplot() +
  geom_point(data = bgrd, aes(x = PC1, y = PC2, fill = pop), 
             pch = 21, color = 'grey') +
  geom_point(data = ref, aes(x = PC1, y = PC2, fill = pop), 
             pch = 21, color = 'black') +
  # 仅固定Unknown分类的颜色，其余分类自动使用默认配色
  scale_fill_manual(values = c("Unknown" = "grey"), limits = force)
p

内容的提问来源于stack exchange，提问作者curious