如何使用ggplot调整堆叠柱状图分段顺序，将other组置于堆叠底部

问题背景 #

使用ggplot绘制分类学堆叠柱状图时，默认按数值大小排序堆叠分段，会导致丰度较低的other分组出现在堆叠中段，影响图表整洁度，需要将其固定到堆叠最底部。
现有绘图代码如下：

ggplot(full_genus_new, aes(x=as.factor(Var2), y=value, fill=Var1)) +
    geom_bar(stat="identity", position = "fill", aes(order = -value)) +
    scale_x_discrete() +
    ylab("Relative Microbial Activity") +
    facet_grid(cols=vars(PEDIS), scales = "free_x", space = "free_x") +
    theme_classic() +
    scale_fill_manual(values = Cb64k) +
    scale_y_continuous(labels=percent_format()) +
    theme(legend.position = "bottom", legend.text = element_text(size=8)) +
    guides(fill=guide_legend(title="Taxa")) +
    xlab("Patient") +
    theme(legend.key.size = unit(0.5,'cm'))

使用的是长格式数据框，其中Var2字段对应患者信息，Var1字段为分类群名称。

解决方法 #

有两种常用实现方案，优先推荐修改因子水平的方式：

• 方案1：调整Var1的因子水平，固定other排序优先级
  ggplot默认按照分类变量的因子水平从下到上堆叠，只需将other设为因子的第一个水平，其余分类按需求排序即可，同时可以同步统一图例顺序：

# 载入依赖包，已安装可跳过
library(dplyr)
library(forcats)

# 重设Var1因子水平，other放在第一位，其余分类按总丰度降序排列
full_genus_new <- full_genus_new %>%
  mutate(Var1 = fct_relevel(Var1, "other"),
         Var1 = fct_reorder(Var1, value, .fun = sum, .desc = TRUE))

修改数据后，原有绘图代码中geom_bar里的aes(order = -value)参数可以删除，直接运行即可得到other在最底部的堆叠效果。

• 方案2：不修改原始数据，直接在绘图参数中指定排序
  如果不想改动原始数据的因子结构，可以直接在geom_bar的aes中单独指定other的排序优先级：

ggplot(full_genus_new, aes(x=as.factor(Var2), y=value, fill=Var1)) +
    # 给other单独设置最高排序优先级，保证其在最底部
    geom_bar(stat="identity", position = "fill", aes(order = ifelse(Var1 == "other", 1, -value))) +
    # 以下原有代码保持不变
    scale_x_discrete() +
    ylab("Relative Microbial Activity") +
    facet_grid(cols=vars(PEDIS), scales = "free_x", space = "free_x") +
    theme_classic() +
    scale_fill_manual(values = Cb64k) +
    scale_y_continuous(labels=percent_format()) +
    theme(legend.position = "bottom", legend.text = element_text(size=8)) +
    guides(fill=guide_legend(title="Taxa")) +
    xlab("Patient") +
    theme(legend.key.size = unit(0.5,'cm'))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mrad