MATLAB imfuse函数与ImageJ合成图像的叠加效果差异问题

我有两张膜表面的延时图像，二者本该显示同一区域，但调焦过程中拍摄视场可能出现了小幅漂移。我采用两种途径可视化漂移量，分别是MATLAB 2021a和ImageJ，具体操作如下：

1. MATLAB操作 #

首先使用imshowpair叠加两张图像，原始灰度图为fix和mov，imshowpair(mov,fix)输出结果为imshowpair_comp，可明确观察到疑似漂移。
随后使用imfuse函数进行操作，代码如下：

RF = imref2d(size(fix));
RM = imref2d(size(mov));
RM.XWorldLimits = RF.XWorldLimits;
RM.YWorldLimits = RF.YWorldLimits;
comp = imfuse(fix,RF,mov,RM,'falsecolor','Scaling','joint','ColorChannels',[1 2 0]);

输出合成图像为imfuse_comp。
后续我执行了图像配准，得到imregcorr_comp，对应代码如下：

tForm = imregcorr(mov,fix,"similarity");
movTransform = imwarp(mov,tForm,"OutputView",RF);
imshowpair(movTransform,fix)

该图像为对齐正常的合成图像。

2. ImageJ操作 #

我按以下步骤执行：

1. 在ImageJ中打开fix.tiff，依次点击Image->Colors->Channels Tool->Composite->Red。
2. 在ImageJ中打开mov.tiff，依次点击Image->Colors->Channels Tool->Composite->Green。
3. 依次点击Image->Colors->Merge Channels。

得到合成图像imagej_comp，该结果显示两张原始图像本身不存在错位。
两种方法得到的结果存在明显矛盾，我无法排查出问题所在，也不确定应当采信哪条路径的结果，恳请各位帮忙分析解答。

问题排查方案与结论 #

核心矛盾成因 #

两种方法的结果矛盾大概率由图像坐标系默认规则差异导致，MATLAB默认的图像坐标系原点在左上角，Y轴向下递增，而ImageJ默认操作下如果没有手动调整图像翻转/坐标系，两个工具对同一张图像的Y轴映射规则不一致，会直接导致叠加时出现虚假漂移。

排查步骤 #

1. 先验证原始图像尺寸一致性：分别在MATLAB用size(fix)、size(mov)，ImageJ中打开两张图按i快捷键查看图像信息，确认二者宽高完全一致，排除尺寸缩放导致的偏移。
2. 手动验证漂移：在两张原始图中各选3个以上辨识度高的特征点，分别记录其在MATLAB和ImageJ中的坐标，核对坐标对应关系：
   • 若MATLAB中特征点坐标偏移方向沿Y轴对称，直接在MATLAB中执行mov = flipud(mov);后重新运行imshowpair，若漂移消失即可确认是坐标系差异导致的假阳性结果。
   • 若坐标偏移在两个工具中一致，检查ImageJ合并通道时是否默认执行了自动对齐：高版本ImageJ的Merge Channels功能在检测到图像有明显特征时，会默认触发隐式配准，可关闭自动对齐选项后重新合并，验证结果是否和MATLAB原始叠加结果一致。
3. 结果采信优先级：优先采信无隐式配准的原始叠加结果，ImageJ合并通道时需手动勾选Disable Auto Alignment选项后得到的结果，才是无额外处理的原始漂移可视化结果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者theComplex_iota