R语言prcomp结合ggbiplot绘图报错invalid 'rot' value问题求助

• 核心原因：你当前PCA输入的是18041个基因的全转录组矩阵，ggbiplot默认开启var.axes = TRUE参数，会自动绘制所有变量（即所有基因）的载荷箭头及对应基因名标签。上万级别的文本标签在计算旋转角度时数值溢出，直接触发invalid 'rot' value报错。
• 次要错误：你执行df2 <- assay(df2)后得到的是纯数值表达矩阵，仅包含基因表达量，不存在stage列，你传入的groups=factor(df2$stage)实际是NULL值，也会导致分组逻辑异常。

1. 修正分组参数的来源，同时关闭变量载荷绘制即可正常出图，参考修改后代码：

# 分组从原始DESeq2对象的元数据中取，不要从纯表达矩阵df2取
plot <- ggbiplot(pca2, 
                 groups=factor(dds$stage), 
                 alpha=1, 
                 varname.size=0.2, 
                 ellipse = TRUE, 
                 circle = TRUE, 
                 labels =row.names(df2),
                 var.axes = FALSE) # 关闭基因载荷箭头和标签绘制，避免上万条元素溢出
plot

2. 如果你需要展示部分基因的载荷信息，建议先筛选高变基因/目标基因子集后再做PCA绘图，避免一次性加载上万条变量标签。
3. 额外说明：vst归一化后的矩阵本身已经完成方差稳定转换，prcomp设置scale=FALSE的操作是正确的，不需要额外调整。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Aggelos Kozonakis