R语言ggplot离散x轴因子未按指定relevel顺序排列问题

你尝试的4种方案失效的核心原因有两点：

1. 方法3、4虽然提前修改了type的因子水平，但后续在scale_x_discrete中指定limits = unique(y$type)时，调用的是未修改的原始数据的type唯一值，覆盖了你提前设置的因子顺序
2. 所有方案中labels的生成逻辑都是基于原始数据type的默认顺序，和你想要的目标顺序不匹配，即使x轴顺序改对了，标签也会出现错位

你可以通过以下两种方案解决问题，首先先定义目标x轴顺序避免重复书写出错：

target_order <- c("Hydro", "Vascular", "Trauma", "Infection", "Tumor")

方案1：提前修改数据的因子水平（更稳妥，后续其他分组统计也会沿用该顺序） #

library(tidyverse)
library(ggtext)

# 修改数据集中type的因子水平为目标顺序
y_fix <- y %>%
  mutate(type = factor(type, levels = target_order))

ggplot(y_fix, aes(x = type, y = loglos, color = corona, fill = corona)) + 
  geom_boxplot() + 
  scale_y_continuous(name = "",
                     breaks = seq(-8, 0, 4),
                     limits = c(-8, 0)) +
  # 按目标顺序生成对应标签，p_perc_和p_conf_为命名向量，直接按顺序索引即可匹配
  scale_x_discrete(name = "",
                   labels = paste0(target_order,
                                   "<br><b>", p_perc_[target_order], "</b>",
                                   "<br><sub>(", p_conf_[target_order], ")</sub>")) +
  theme(axis.text.x = element_markdown(color = "grey20", size = 12))

方案2：直接在scale层设置顺序（不需要修改原始数据） #

library(tidyverse)
library(ggtext)

ggplot(y, aes(x = type, y = loglos, color = corona, fill = corona)) + 
  geom_boxplot() + 
  scale_y_continuous(name = "",
                     breaks = seq(-8, 0, 4),
                     limits = c(-8, 0)) +
  # 同时指定limits和labels为目标顺序，保证二者一一对应
  scale_x_discrete(name = "",
                   limits = target_order,
                   labels = paste0(target_order,
                                   "<br><b>", p_perc_[target_order], "</b>",
                                   "<br><sub>(", p_conf_[target_order], ")</sub>")) +
  theme(axis.text.x = element_markdown(color = "grey20", size = 12))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者cmirian