ggplot分面绘图时wilcox.test结果重叠原因及显著性条添加方法

1. 修正基础代码问题 #

你原有代码中stat_compare_means行末尾遗漏了+，会导致运行报错，先修正该问题。

2. 解决wilcoxon检验结果重叠问题 #

可以通过调整stat_compare_means的位置参数实现，常用调整参数如下：

• vjust：垂直方向偏移量，正值向上偏移，负值向下偏移
• hjust：水平方向偏移量
• label.y：手动指定检验标签的y轴位置，传入数值向量即可给不同比较指定不同高度，避免重叠

示例代码：

library(ggplot2)
library(ggpubr)

ggplot(df, aes(y = count, x = time, group = time)) + 
  theme_bw() +
  geom_boxplot()+
  theme(legend.position = "none")+
  scale_y_log10(limits = c(1, 300)) + # 稍微调大y轴上限，给标签预留空间
  facet_wrap(vars(cluster), scales = "fixed")+
  stat_compare_means(method= "wilcox.test", 
                     vjust = -0.5,
                     label.y = c(200, 230, 260)) + # 三个两两比较的标签分别放在不同高度
  labs(y = "Clone count", x = "Time point")

3. 添加显著性条 #

可以用ggsignif包的geom_signif函数实现，指定需要比较的分组对、显著性条放置高度即可，示例代码：

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggsignif)

ggplot(df, aes(y = count, x = time, group = time)) + 
  theme_bw() +
  geom_boxplot()+
  theme(legend.position = "none")+
  scale_y_log10(limits = c(1, 350)) + # 进一步放大y轴上限，给显著性条预留空间
  facet_wrap(vars(cluster), scales = "fixed")+
  # 添加显著性条
  geom_signif(comparisons = list(c("Day 0", "Day 1"), c("Day 1", "Day 2"), c("Day 0", "Day 2")),
              y_position = c(150, 220, 290), # 每个显著性条的放置高度
              tip_length = 0.01, # 显著性条两端竖线的长度
              map_signif_level = TRUE) + # 自动将p值转换为星号标注，不需要可删除该参数
  labs(y = "Clone count", x = "Time point")

如果你想要显示具体p值而非星号，把map_signif_level = TRUE替换为test = "wilcox.test"即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chinemerem