编译Trans-Proteomic Pipeline出现boost::iostreams未定义引用错误怎么办

这个错误是链接阶段无法找到带zlib支持的boost_iostreams库导致的，按以下步骤操作即可解决：

步骤1：确认基础依赖已安装 #

先确保系统已安装zlib开发包和带zlib功能的boost-iostreams开发包：

• Debian/Ubuntu 系列发行版执行：
  sudo apt install libboost-iostreams-dev zlib1g-dev
• CentOS/RHEL/Fedora 系列发行版执行：
  sudo dnf install boost-iostreams-devel zlib-devel

步骤2：编译时直接传入参数（无需修改Makefile） #

无需手动修改Makefile文件，执行make命令时直接传入编译链接参数即可：
如果你的boost安装在系统默认路径，执行：

make clean
make all CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -lboost_iostreams -lz"
make install CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -lboost_iostreams -lz"

如果你的boost是手动编译安装到自定义路径（例如/opt/boost），执行：

make clean
make all CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -I/opt/boost/include" LDFLAGS="${LDFLAGS} -L/opt/boost/lib -lboost_iostreams -lz"
make install CXXFLAGS="${CXXFLAGS} -I/opt/boost/include" LDFLAGS="${LDFLAGS} -L/opt/boost/lib -lboost_iostreams -lz"

步骤3：可选：修改配置文件永久生效 #

如果需要长期使用自定义路径的boost，可以直接修改TPP源码根目录下的config.mk或Makefile.in文件：

• 找到BOOST_INCDIR配置项，修改为你的boost头文件路径
• 找到BOOST_LIBDIR配置项，修改为你的boost库文件路径
• 找到LDFLAGS或EXTRA_LIBS配置项，追加-lboost_iostreams -lz
  修改完成后重新执行./configure，再正常编译安装即可。

注意事项 #

• 若执行编译好的二进制文件时提示找不到boost库，可将boost库路径追加到/etc/ld.so.conf文件中，执行sudo ldconfig刷新缓存即可。
• 如果执行以上操作后仍然报错，可确认当前安装的boost版本是否符合TPP对应版本的要求，版本不兼容也会导致符号找不到的问题，安装匹配的boost版本即可解决。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Vranvs