metafor包addpoly()函数annosym参数无效报错解决方案咨询

问题原因 #

annosym 是仅属于 forest() 函数的专属参数，addpoly() 本身没有这个参数定义，你传入的参数会被当做无效的图形参数处理，因此触发警告，也无法生效。

可行解决方法 #

方法1：临时修改metafor全局默认标注格式 #

直接修改metafor包内部存储的默认annosym参数，后续所有绘图相关的调用都会自动沿用这个配置，不需要单独给每个函数传参：

# 先保存原来的默认配置，用完可以改回去避免影响后续绘图
old_annosym <- metafor:::.mfpar$annosym
# 改成你需要的格式
metafor:::.mfpar$annosym <- c(' (','; ',')')

# 跑原来的绘图代码，addpoly不需要再传annosym参数
res <- rma(ai=tpos, bi=tneg, ci=cpos, di=cneg, data=dat.bcg, measure = 'OR', method='DL',
           slab=paste(author, year))
forest(res, ylim=c(-2,16))

dat.bcg.rand <- dat.bcg[dat.bcg$alloc=='random',]
res.rand <- rma.uni(ai=tpos, bi=tneg, ci=cpos, di=cneg, data=dat.bcg.rand, measure = 'OR', method='DL', 
                    slab=paste(author, year))
addpoly(res.rand, mlab='Random alloc.',atransf=exp)

# 绘图完成后可以改回默认配置
metafor:::.mfpar$annosym <- old_annosym

方法2：手动拼接标注文本（自定义程度更高） #

如果你不想修改全局配置，可以关闭addpoly的默认标注，自己计算效应值和置信区间后手动拼接格式，用text()函数添加到对应位置：

# 先绘制主森林图
res <- rma(ai=tpos, bi=tneg, ci=cpos, di=cneg, data=dat.bcg, measure = 'OR', method='DL',
           slab=paste(author, year))
forest(res, annosym=c(' (','; ',')'), ylim=c(-2,16))

# 拟合亚组模型
dat.bcg.rand <- dat.bcg[dat.bcg$alloc=='random',]
res.rand <- rma.uni(ai=tpos, bi=tneg, ci=cpos, di=cneg, data=dat.bcg.rand, measure = 'OR', method='DL', 
                    slab=paste(author, year))

# 添加亚组多边形，不显示默认的效应值标注
addpoly(res.rand, mlab='Random alloc.', atransf=exp, showweights=FALSE, efac=NA)
# 手动计算转换后的效应值和置信区间
or <- exp(res.rand$beta)
ci_lb <- exp(res.rand$ci.lb)
ci_ub <- exp(res.rand$ci.ub)
# 拼接成你要的格式，保留两位小数可自行调整精度
anno_text <- paste0(sprintf("%.2f", or), " (", sprintf("%.2f", ci_lb), "; ", sprintf("%.2f", ci_ub), ")")
# 加到对应位置，y坐标根据你forest的ylim调整，这里亚组默认在最下方y=-1的位置（可根据实际调整）
text(x = max(ci_ub)*1.1, y = -1, labels = anno_text, pos=4)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Łukasz Deryło