R3.6.1环境下Rmd点击编织为PDF却默认输出HTML问题求助

从你提供的运行日志可以看到，pandoc执行时调用了bookdown的gitbook HTML模板，说明当前渲染流程被bookdown的规则接管，才会忽略你YAML里的pdf配置输出HTML，可按以下方案排查解决：

• 检查工作目录下是否存在_bookdown.yml、_output.yml配置文件：这两个bookdown项目的配置文件优先级高于单文件Rmd的YAML头，如果你只是要渲染单文件Rmd，直接删除这两个文件即可；如果是需要保留bookdown配置，在_output.yml中补充pdf_document的对应配置。
• 手动指定渲染函数验证：跳过RStudio的编织按钮，在控制台直接运行命令：

rmarkdown::render("index.Rmd", output_format = "pdf_document")

如果该命令可以正常输出PDF，说明是RStudio编织按钮的缓存问题，点击编织按钮旁的下拉箭头，手动选择一次「编织为PDF」即可修正后续的默认输出格式。

• 排查YAML头缩进问题：你当前贴出的YAML头缩进是正确的，如果后续修改过配置，确保pdf_document及下属参数的缩进层级正确，避免YAML解析失败导致输出配置失效。

你遇到的时区警告可以通过在Rmd文件最开头添加一段R代码块解决：

Sys.setenv(TZ = "Asia/Shanghai") # 可替换为你所在地区对应的时区字符串

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Eeuwigestudent1