使用PerformanceAnalytics的chart.Correlation做斯皮尔曼相关如何消结相关p值警告

问题原因 #

你添加的exact=FALSE参数没有生效的核心原因是：PerformanceAnalytics包的chart.Correlation()函数本身的形参列表中不包含exact参数，你传入的该参数无法被自动传递给函数底层调用的cor.test()，因此没法关闭对应的警告。
这个警告本身不是报错，只是提示你的数据存在相同秩（结），无法计算精确p值，输出的p值为近似结果，不会影响相关系数计算和图表生成。

可行的解决方法 #

• 方法1：临时屏蔽警告
  如果你不需要纠结p值的计算逻辑，仅需要正常生成图表，直接用suppressWarnings()包裹绘图代码即可：

  suppressWarnings(chart.Correlation(Experts, histogram=TRUE, pch=19, method="spearman"))
  

• 方法2：换用支持自定义参数的绘图工具
  你已经用Hmisc::rcorr()计算好了相关系数和p值，rcorr本身处理有结数据时不会触发该警告，可以换用corrplot包来绘制相关图，灵活度更高：

  library(corrplot)
  # 可自定义配色、显著性标记规则等
  corrplot(res2$r, p.mat = res2$P, sig.level = 0.05, insig = "blank", method = "color", addCoef.col = "black")
  

• 方法3：修改chart.Correlation的底层逻辑
  如果必须使用chart.Correlation的绘图样式，你可以导出该函数的源码，找到内部调用cor.test的代码行，手动添加exact=FALSE参数，将修改后的函数重命名为自定义函数调用即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Manon Obdeijn