R语言绘制重名列数据并添加中位数与回归线的问题咨询

你遇到的报错核心原因是重名的宽格式列不符合R绘图函数的输入要求，必须先将重名列合并整理为长（整洁）格式，不需要做数值层面的合并，只要做数据结构转换即可。

R读取含重名列的数据集时，默认会给后续重复列自动添加.1/.2类的后缀，先将目标列名规整后再做宽转长操作即可，以tidyverse套件为例：

# 加载依赖包
library(tidyverse)

# 假设原始数据集命名为df，目标重名列均为Enterobacteriaceae相关
# 先规整目标列名，将自动添加的后缀替换为统一的处理组标识
colnames(df) <- str_replace(colnames(df), "Enterobacteriaceae\\.(\\d+)", "treatment_1_\\1")

# 转换为长格式，仅保留目标列和其他需要的关联列
df_long <- df %>%
  pivot_longer(cols = starts_with("treatment_1_"),
               names_to = "处理组",
               values_to = "数值")

整理后的数据完全符合ggplot2的输入要求，可直接添加散点、中位数线和线性回归线：

ggplot(df_long, aes(x = 处理组, y = 数值)) +
  # 绘制散点展示原始数据分布，添加扰动避免重叠
  geom_jitter(width = 0.2, alpha = 0.6) +
  # 添加中位数线
  stat_summary(fun = median, geom = "crossbar", 
               width = 0.5, color = "#d92121", linewidth = 0.8) +
  # 添加线性回归线，分类x轴需转换为数值型映射
  geom_smooth(aes(x = as.numeric(factor(处理组))), 
              method = "lm", se = FALSE, color = "#2156d9", linetype = "dashed") +
  labs(x = "处理组分组", y = "Enterobacteriaceae对应数值") +
  theme_bw()

• 如果你的重名列包含多类指标（比如除了Enterobacteriaceae还有其他菌属的重名列），可以在pivot_longer步骤用正则表达式同时提取指标名称和处理组标识，一次性整理为多类别长数据，后续可直接分面绘图无需重复处理
• 若不使用tidyverse套件，也可以用base R的reshape()函数完成宽转长操作，核心逻辑不变：将同类型重名列合并为「分组标识列+对应数值列」的结构
• 不要直接用重名的宽列绘图：R对重名列的索引逻辑默认取第一个匹配项，且宽格式本身不符合绝大多数绘图函数的输入要求，提前转换为长格式是最高效的解决方案

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Eliza R