如何在R中读取gdb文件？readOGR报错、st_read卡顿如何解决？

问题背景 #

首先运行以下代码查询gdb文件包含的图层：

ogrListLayers("my_data.gdb")

查询结果显示my_data.gdb包含两个大图层，多次尝试读取均失败，已尝试的操作及对应报错如下：

• 运行以下代码，测试是否添加dropNULLGeometries参数、读取两个不同图层的场景，均返回报错：

Wont_open <- readOGR(dsn = "D:/my_data.gdb", layer =  "layer_1", dropNULLGeometries = F)

报错信息：

Error in readOGR(dsn = "D:/my_data.gdb",  : 
Unsupported field type: Binary

• 运行以下代码读取图层，程序运行约1小时后无响应：

Wont_open <- st_read(dsn="D:/my_data.gdb", layer =  "layer_1")

• 自定义读取函数尝试转换格式后读取，分别测试了.gdbtable和.dbf后缀的文件，仍读取失败，收到GDAL未安装的警告：

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T){
conversionDir <- tempdir() 

gdalUtils:: ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, dst_datasource_name = conversionDir, f = "ESRI Shapefile", layer + layerName, verbose = T, overwrite = overwrite) 

df <- read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".gdbtable"))) 

return(df)}

调用代码：

Wont_open <- read_GDB_Layer(dsn = "D:/my_data.gdb", layerName = "layer_1")

警告信息：

1: In gdal_setInstallation(search_path = NULL, rescan = FALSE, ignore.full_scan = TRUE,  :
  No GDAL installation found. Please install 'gdal' before continuing:
    - www.gdal.org (no HDF4 support!)
    - trac.osgeo.org/osgeo4w/ (with HDF4 support RECOMMENDED)
    - www.fwtools.maptools.org (with HDF4 support)

2: In gdal_setInstallation(search_path = NULL, rescan = FALSE, ignore.full_scan = TRUE,  :
  If you think GDAL is installed, please run:
gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)

解决方案 #

基础环境修复（解决GDAL未找到警告） #

• 无需额外安装系统级GDAL，优先使用sf包内置的GDAL组件，可完全替代rgdal和gdalUtils的所有读取功能，规避依赖识别问题。
• 如必须使用gdalUtils，安装对应系统的GDAL组件后，运行gdalUtils::gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)即可自动识别安装路径。

解决二进制字段不支持报错 #

• rgdal::readOGR已停止维护，原生不支持FileGDB中的二进制字段类型，直接弃用该函数即可，改用sf包的读取逻辑。

解决st_read无响应问题 #

无响应通常由数据量过大、默认读取全量字段（包含大体积二进制字段）、自动几何校验耗时过长导致，通过参数优化即可解决：

# 按需读取指定字段，排除二进制字段，关闭不必要的校验提升速度
Wont_open <- st_read(
  dsn = "D:/my_data.gdb", 
  layer = "layer_1",
  # 替换下方字段名为你实际需要的字段，SHAPE为几何字段默认名，不需要几何数据可删除
  query = "SELECT 字段1, 字段2, SHAPE FROM layer_1", 
  check_ring_dir = FALSE
)

• 仅需要属性表不需要几何数据时，添加read_geometry = FALSE参数，读取速度可提升数倍：

attr_df <- st_read(
  dsn = "D:/my_data.gdb", 
  layer = "layer_1",
  read_geometry = FALSE
)

格式转换替代方案 #

无需自定义转换函数，直接用sf内置的导出功能即可转成shp等其他格式：

# 读取完成后直接导出为shp
st_write(Wont_open, "D:/layer_1.shp", delete_layer = TRUE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sven Brandt