Linux系统遍历.gz文件出现Permission denied错误解决求助

问题原因 #

你的报错核心是for循环的语法错误：
$()是Bash的命令替换语法，括号内的内容会被Bash当做命令尝试执行，而你实际需求是匹配该路径下的所有.fq.gz文件作为遍历列表，不需要套$()，因此Bash尝试执行匹配到的gz文件才会报权限、执行格式错误。
另外你脚本开头的shebang行也写错了，分隔符应该是斜杠/而不是井号#。

修正后的脚本 #

#!/bin/bash
# 可选：开启nullglob避免无匹配文件时把通配符本身当字符串处理
shopt -s nullglob
for f1 in ~/Desktop/hawkfiles17/NG*.fq.gz
do
  echo "${f1}"
done

后续处理注意事项 #

• 不需要给.fq.gz压缩文件加执行权限，你只需要给你编写的脚本本身加执行权限即可：chmod u+x 你的脚本文件名.sh
• 如果后续需要读取.gz文件内容处理，不需要解压原文件，可以直接用zcat/zgrep等工具直接操作，原.gz文件会保持原有格式不变，例如读取文件内容：zcat "${f1}"

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Amy Houseman