如何在Rmarkdown中实现bash变量跨不同代码块的持久化传递

默认情况下R Markdown的每个bash代码块都会启动独立的shell子进程，执行完成后进程销毁，因此环境变量无法在多个代码块之间直接共享。你可以通过以下几种方案实现shell变量/会话的持久化：

方案1：临时文件中转变量（最常用，配置简单） #

通过给所有bash代码块自动添加前后缀代码，实现运行前加载之前保存的变量、运行后存储当前变量到临时文件，达到变量共享的效果。
完整示例代码如下：

---
title: "Test"
output:
  pdf_document:
    toc: true
    highlight: zenburn
  html_document:
    toc: true
    theme: united
---

```{r setup, include=FALSE}
# 生成临时文件存储bash变量，文档渲染完成后自动删除
bash_env_tmp <- tempfile(fileext = ".sh")
# 全局钩子：给所有bash块自动加变量加载、保存逻辑
knitr::opts_hooks$set(bash = function(options) {
  options$code <- c(
    # 运行代码前加载之前存储的变量
    sprintf("source %s 2>/dev/null", bash_env_tmp),
    options$code,
    # 运行代码后保存当前所有变量到临时文件
    sprintf("declare -p > %s 2>/dev/null", bash_env_tmp)
  )
  return(options)
})

正文内容

TEST="12345"
echo $TEST

其他正文内容

echo $TEST

渲染后第二个bash块会正常输出`12345`。如果不需要保存所有变量，只需要把最后一行的`declare -p`改成`declare -p 变量名1 变量名2`，仅导出指定变量即可。

## 方案2：R环境变量中转（适合变量少的场景）
所有代码块启动的子进程都会继承R进程的环境变量，你可以将需要共享的变量存入R的环境变量，后续bash块可以直接读取：

knitr::knit_hooks$set(output = function(x, options) {
  if (options$engine == "bash") {
    lines <- strsplit(x, "\n")[[1]]
    # 识别导出标记行，导入R环境
    export_lines <- grep("^##R_EXPORT ", lines, value = TRUE)
    for (line in export_lines) {
      var_def <- sub("^##R_EXPORT ", "", line)
      eval(parse(text = paste0("Sys.setenv(", var_def, ")")))
    }
    # 输出中去掉导出标记行
    x <- paste(grep("^##R_EXPORT ", lines, invert = TRUE, value = TRUE), collapse = "\n")
  }
  return(x)
})

TEST="12345"
echo $TEST
# 输出标记行，后续钩子会识别该行导入R环境
echo "##R_EXPORT TEST=$TEST"

echo $TEST

## 方案3：共用常驻shell会话（需要完整会话共享时使用）
如果需要共享整个shell会话的状态（包括工作目录、别名、后台进程等），可以借助`tmux`在后台维持一个常驻shell会话，所有bash代码块的代码都发送到该会话执行，实现完整的会话共享。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LEo