如何在Snakemake规则中使用GitHub URL作为Wrapper及相关问题

最近我在研究Snakemake里基于Wrapper的规则定义，整理出了三种可行的方式，同时也遇到了一些棘手的问题，跟大家分享下：

三种可行的Wrapper规则定义方式 #

这是我目前已经掌握的三种在Snakefile中定义Wrapper规则的写法：

rule way1_wrapper_repository:
    wrapper: "0.0.8/bio/samtools_sort"
rule way2_local_relative_directory:
    wrapper: "local_wrappers/dir/samtools_sort"
rule way3_local_absolute_directory:
    wrapper: "file:///absolute/path/to/wrapper/samtools_sort"

官方文档补充说明 #

根据Snakemake官方文档的描述：

此外，例如在开发场景下，wrapper指令也可指向完整URL，包括使用file://的本地绝对路径或file:.的本地相对路径。每个wrapper的示例可在Snakemake Wrapper Repository的wrapper子目录下的README文件中找到。

尚未解决的需求 #

不过我目前还没找到如何使用指向GitHub上非默认Snakemake wrapper仓库中wrapper目录的URL的方法——我希望能使用那些未托管在官方默认仓库里的自定义wrapper。

核心的XY问题 #

其实上面的需求背后是个典型的XY问题！我真正想要实现的是定义相对于Snakefile所在位置的本地wrapper，但目前Snakemake里wrapper的相对路径始终是基于workdir来解析的。这就导致在整合Snakemake项目或者使用独立的workdir时非常麻烦——这种情况下我不得不把wrapper复制到备选的workdir中，才能保证路径解析正确。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者moritzschaefer