如何修复R中双因素重复测量ANOVA的数据框错误并实现Tukey事后检验

报错原因排查 #

• 第一个代码的两个核心错误：
  1. 公式逻辑完全颠倒：双因素重复测量ANOVA的公式格式为因变量 ~ 自变量交互项 + Error(被试ID/重复测量因子)，你把被试ID放到了因变量位置，且Error项错误填入了因变量score，逻辑完全不成立
  2. 列名不匹配：报错提示ID列赋值时仅0行，说明你读取的sampleData.csv中不存在名为ID的列，大概率是列名拼写错误、存在大小写差异或额外空格
• 第二个代码的核心错误：
  1. Error项依旧错误填写了因变量score，同时读取的No ID sampleData.csv中不存在名为score的列，同样是列名不匹配导致
  2. 重复测量ANOVA必须包含被试ID字段来区分同一被试的多次测量结果，删除ID字段根本无法完成重复测量分析

正确实现代码 #

第一步：确认数据读取和列名匹配 #

先运行下方代码检查数据是否正常读取，列名是否和你实际的字段完全一致：

# 读取数据
data <- read.csv(file = "sampleData.csv", header = TRUE)
# 查看前6行数据，确认字段和值是否正常
head(data)
# 查看所有列名，确认有ID、score、treatment、day四个字段，无拼写/空格/大小写差异
colnames(data)

如果列名和预期不符，直接修改csv的表头为ID、score、treatment、day即可，或者在R中用colnames(data) <- c("ID","score","treatment","day")手动修改列名（要按实际列的顺序对应）

第二步：拟合双因素重复测量ANOVA模型 #

这里默认day为被试内重复测量因子，treatment为被试间因子，如果两个因子都是被试内因子，可替换注释里的公式：

# 转换为因子类型
data$treatment <- as.factor(data$treatment)
data$day <- as.factor(data$day)
data$ID <- as.factor(data$ID)

# 拟合模型，若treatment和day均为被试内因子，把公式替换为score ~ treatment*day + Error(ID/(treatment*day))
twoWayA <- aov(score ~ treatment * day + Error(ID/day), data = data)
# 输出ANOVA结果
summary(twoWayA)

第三步：Tukey事后检验 #

使用emmeans包实现事后检验，首次运行需要先安装包，后续可注释掉安装命令：

# 首次使用先安装包
install.packages("emmeans")
library(emmeans)

# 检验treatment主效应的组间差异
emmeans(twoWayA, pairwise ~ treatment, adjust = "tukey")
# 检验day主效应的组间差异
emmeans(twoWayA, pairwise ~ day, adjust = "tukey")
# 若交互项显著，可检验treatment和day各组合的差异
emmeans(twoWayA, pairwise ~ treatment*day, adjust = "tukey")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ineedhelp