如何为ggpubr stat_compare_means()的p值标签添加自定义前缀

你尝试的写法不生效，是因为部分版本的ggpubr在使用comparisons参数做多组比较时，会默认覆盖aes中的label映射，以下两种写法均可实现p值前添加p = 前缀的需求： #

方法1：适配ggpubr v0.4.0及以上版本 #

library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2"))

ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len") + 
  stat_compare_means(
    comparisons = my_comparisons, 
    method = "wilcox.test",
    aes(label = paste0("p = ", ..p.format..)),
    tip.length = 0.01 # 可选，调整显著性标记竖线长度，避免和p值重叠
  )

方法2：全版本兼容写法 #

使用label.func参数自定义p值输出格式，不受版本差异影响。format.pval是R内置的p值格式化函数，会自动处理p < 2e-16这类极小值的显示，不需要额外判断：

library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2"))

ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len") + 
  stat_compare_means(
    comparisons = my_comparisons, 
    method = "wilcox.test",
    # 自定义格式，可按需调整digits参数修改保留位数
    label.func = function(p) paste0("p = ", format.pval(p, digits = 2)),
    tip.length = 0.01
  )

如果需要用科学计数法显示p值，把label.func替换为以下内容即可：

label.func = function(p) paste0("p = ", scales::scientific(p, digits = 2))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者autumnrustle