如何在R语言autoplot绘图中添加geom_smooth并解决y美学缺失报错

• ggfortify包的autoplot()绘制多变量时间序列时，会自动将宽格式的时间序列转换为长格式绘图，但美学映射y没有全局绑定，新增的geom_smooth()无法自动识别到对应的值列，因此触发缺失y美学的报错。

方法1：直接指定geom_smooth的y映射 #

不需要修改原有绘图逻辑，仅需在geom_smooth()中手动指定映射的y列为value（autoplot转换长格式后的值列默认命名为value）即可：

library(ggfortify)
library(ggplot2)

# 原有数据生成代码
ds <- as.data.frame(replicate(6, rnorm(100)))
ds <- ts(ds, start = 1990, frequency = 4)
colnames(ds) <- paste0("Variable", sep = "_", 1:ncol(ds))

# 加平滑线的绘图代码
autoplot(ds, nrow = 3, ncol = 2) + 
  geom_smooth(aes(y = value), method = "loess", se = FALSE)

说明：se = FALSE用于关闭平滑线的置信区间填充，不需要可以删掉该参数。

方法2：手动转换为长格式用原生ggplot绘图 #

如果方法1因为包版本差异不生效，可以手动转换数据格式后用原生ggplot语法绘图，可控性更高：

library(tidyverse)
library(zoo)

# 数据转换为tidy长格式
ds_tidy <- as.data.frame(ds) %>%
  mutate(date = index(ds)) %>%
  pivot_longer(cols = starts_with("Variable"),
               names_to = "variable",
               values_to = "value")

# 绘图
ggplot(ds_tidy, aes(x = date, y = value)) +
  geom_line() +
  facet_wrap(~variable, nrow = 3, ncol = 2, scales = "free_y") +
  geom_smooth(method = "loess", se = FALSE) +
  theme_bw()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bic ton