R语言emmeans包cld()函数输出因子水平排序异常如何解决？

cld()函数默认开启了按均值排序的逻辑，会自动覆盖你预先设置的因子水平顺序，要保留原有顺序可以用以下两种方案解决：

方法1：调用cld时添加sort参数 #

直接在生成cld结果的代码中加入sort = FALSE，即可保留原因子水平的排序：

# 修改后的cld调用代码
cld.years <- cld(by.years, Letters = letters, sort = FALSE)

方法2：手动重设cld输出结果的因子水平 #

如果修改调用参数后仍有排序问题（比如后续绘图时），可以对输出的cld结果手动重设因子水平：

cld.years$Grazing.intensity <- factor(cld.years$Grazing.intensity, 
                                      levels = c('No-grazing','Light-grazing','Moderate-grazing'))

额外注意事项 #

你当前代码中使用了attach(plants)，该操作容易引发环境内的变量命名冲突，后续使用建议移除attach()语句，仅通过lmer()的data参数指定数据集即可正常运行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者suzz