如何为tbl_summary()生成的表格添加TukeyHSD事后检验显著性上标

完全可以在tbl_summary()生成的汇总表中添加Tukey HSD事后检验的显著性上标，不需要手动导出表格修改，以下是可直接复用的实现逻辑：

• 核心思路：先对所有需要比较的变量完成Tukey事后检验，生成组间显著性差异对应的字母分组标记，再把标记作为上标匹配到表格对应分组的统计量单元格即可。
• 可复现代码示例（基于R内置mtcars数据集，以气缸数cyl为分组变量）：
  首先加载依赖包，写一个提取Tukey检验显著性字母的工具函数：

  library(gtsummary)
  library(dplyr)
  library(multcomp)
  
  # 提取指定变量、指定分组下Tukey HSD检验的显著性分组字母
  get_tukey_marks <- function(data, target_var, group_col){
    # 拟合ANOVA模型
    aov_model <- aov(as.formula(paste(target_var, "~", group_col)), data = data)
    # 做Tukey两两比较
    tuk_comp <- glht(aov_model, linfct = mcp(as.name(group_col) = "Tukey"))
    # 提取0.05显著性水平下的分组字母
    sig_letters <- cld(tuk_comp, level = 0.05)$mcletters$Letters
    return(sig_letters)
  }
  

  接着生成基础汇总表，把显著性标记匹配到对应单元格：

  # 选定需要做检验的连续变量
  analyze_vars <- c("mpg", "disp", "hp", "drat")
  # 批量提取所有变量的显著性标记
  all_sig_marks <- purrr::map(analyze_vars, 
                              ~get_tukey_marks(mtcars %>% mutate(cyl = factor(cyl)), 
                                               .x, 
                                               "cyl")) %>% 
    set_names(analyze_vars)
  
  # 生成带显著性上标的汇总表
  final_table <- mtcars %>%
    mutate(cyl = factor(cyl, levels = c(4,6,8))) %>%
    select(cyl, all_of(analyze_vars)) %>%
    tbl_summary(
      by = cyl,
      statistic = all_continuous() ~ "{mean} ± {sd}"
    ) %>%
    # 给每个分组单元格加上对应上标
    modify_table_body(
      ~.x %>%
        mutate(
          stat_1 = ifelse(variable %in% analyze_vars,
                          paste0(stat_1, "<sup>", all_sig_marks[[variable]]["4"], "</sup>"),
                          stat_1),
          stat_2 = ifelse(variable %in% analyze_vars,
                          paste0(stat_2, "<sup>", all_sig_marks[[variable]]["6"], "</sup>"),
                          stat_2),
          stat_3 = ifelse(variable %in% analyze_vars,
                          paste0(stat_3, "<sup>", all_sig_marks[[variable]]["8"], "</sup>"),
                          stat_3)
        )
    ) %>%
    # 添加上标含义说明
    add_footnote(
      footnote = "标注不同上标字母的组间存在Tukey HSD事后检验P<0.05的统计学差异",
      locations = cells_body(columns = starts_with("stat_"))
    )
  

• 简便方案：如果安装gtsummary的开发版，可直接调用内置的add_significance_letters()函数，只需要在add_p()中指定检验方法为Tukey HSD，函数会自动完成显著性标记的计算和上标添加，不需要手动写单元格匹配逻辑。

注意：如果需要对分类变量添加事后检验上标，只需要把工具函数里的ANOVA模型替换为分类变量两两比较的检验方法（比如Bonferroni校正的卡方检验/Fisher精确检验），后续表格拼接逻辑完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Khanh Nguyen